Sonntag, 8. Juni 2014

Grafik-Software Fiji und Just ImageJ

Fiji ist eine völlig unabhängige Distribution von ImageJ mit vielen Erweiterungen und einem eigenen Java.

ImageJ wiederum ist ein in Java geschriebenes Bildbearbeitungsprogramm. Es ist der Nachfolger des berühmten, in Pascal geschriebenen NIH Image, das nur noch unter MacOS 9 lauffähig ist, und wird vielfach für medizinische und wissenschaftliche Bildanalyse genutzt.

ImageJ wird am amerikanischen National Institutes of Health (NIH) entwickelt und besitzt eine große und aktive Community. Neben dem Einsatz von Makros kann ImageJ auch leicht durch einfache, in Java geschriebene Plug-Ins ergänzt werden. Eine entsprechende API ist vorhanden und gut dokumentiert.


Fiji ist ein freies (GPL) Paket zur wissenschaftlichen Bildverarbeitung. Der Name steht für »Fiji is Just ImageJ (batteries included)«. Es ist eine Distribution von ImageJ (und ImageJ2) zusammen mit Java, Java3D und einer Menge von Plugins, die unter anderem das Skripten von ImageJ auch in Ruby (mit Hilfe von JRuby) und Python (mit Hilfe von Jython) erlauben.

Linktipps zu Fiji



Fiji: eine offene Bildanalyse-Plattform für Wissenschaftler

http://www.laborwelt.de/spezialthemen/bioinformatik/bildanalyse-mit-fiji.html







Probier's mal mit Fiji Open Source Bildauswertung

http://www.laborjournal.de/editorials/643.lasso



Ausschnitt aus dem Aufsatz auf laborjournal über eines der Plugins in Fiji, dem TrakEM2



Mit TrakEM2 lassen sich einzelne Elemente aus einer Serie von Mikroskopaufnahmen zu 3D-Bildern zusammensetzen, zum Beispiel einzelne Zellen aus Gewebeschnitten (hier geht’s zum Tutorial). Zudem lassen sich Flächen und Volumina von unregelmäßig geformten Objekten bestimmen oder Aufnahmen bequem einfärben. Um diese und noch mehr Funktionen auszuprobieren bietet Fiji allerlei Beispielbilder an (File > Open Samples): Animierte Bildsequenzen von Schnitten durch ein Fliegenhirn oder eine 3D-Animation der Cochlea einer Fledermaus. Aber auch Bilder von fluoreszenzmarkierten HeLa-Zellen, Baumringen oder einer Galaxie finden sich in der Sammlung.

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